击败贵霜
永元二年（公元90年），贵霜帝国君主卡德菲兹二世（《后汉书》称为“阎膏珍”[] ）发兵攻打西域，但被班超阻遏。贵霜久攻不下，便向龟兹借军粮，却被埋伏在路上的汉军截杀，贵霜方面只得求和，并时常向东汉纳贡。
讨灭匈奴
永元四年（公元92年）东汉连番重创北匈奴后，北匈奴西迁，漠北地空。其中有部分北匈奴退居伊吾附近，其首领于除鞬自立为新一任北匈奴单于，到蒲类海请求归降东汉。于是，东汉在伊吾地区设立“护匈奴中郎将”，领护北匈奴[] ，于是南北匈奴一并归东汉都护，东汉自此“并恩两护”[] 。此后，南北匈奴时有叛乱，但均被讨平。
永元五年（公元93年），北匈奴於除鞬单于叛乱，刘肇派遣“护匈奴中郎将”任尚将其讨灭[] 。同年，南匈奴单于安国叛乱，被骨都侯喜斩杀[] 。永元六年（公元94年），新降的北匈奴部众对南匈奴单于师子不服，于是十五部二十多万人皆反叛，拥立逢侯为单于，杀略吏人，焚毁庐帐，将车重向北方，欲渡漠北。九月，刘肇以光禄勋邓鸿为主将，统帅越骑校尉冯柱、行度辽将军朱徽、护匈奴中郎将杜崇征讨匈奴叛军，十一月，任尚率鲜卑大都护苏拔廆、乌桓大人勿柯八千骑兵，拦截逢侯军队于满夷谷，大破之；冯柱遣兵追击，再度击破，前后共斩首一万七千余级，逢侯单于便率众出塞[] 。永元八年（公元96年）五月，逢侯单于的左部投降汉朝，南匈奴单于师子认为其中的右温禺犊王乌居战曾与安国同谋，想要拷问他，于是乌居战便再度叛乱寇边，七月，刘肇派度辽将军庞奋、越骑校尉冯柱追讨叛军，斩杀乌居战。
征服西域
永元三年（公元91年）刘肇西巡期间，班超制服了西域的龟兹、姑墨、温宿等国。十二月，刘肇任命班超为西域都护，同时册封随行的龟兹国侍子白霸为王，派司马姚光护送他回到龟兹国继承王位。司马姚光到达后，与班超联手废黜了龟兹老王尤利多，拥立白霸为新一任国王，并将尤利多押送至京师洛阳。班超驻守龟兹它乾城，西域只剩焉耆国、危须国、尉犁国怀有二心，其余皆定[] 。永元六年（公元94年）七月，班超大破焉耆国、尉犁国、