扶苏安葬了始皇帝之后登基为帝，是为二世皇帝。二世皇帝上任伊始大赦天下，非死罪者皆赦之，又暂停了宫室和皇陵修建，连驰道工程也暂停，与民休息三年。又任命蒙毅为大丞相总摄政事，蒙恬为国尉统帅全国兵马，让王离为主将涉间为副将领兵二十万依旧在长城驻防。
扶苏继位一月，南海尉任嚣上表朝贺，并求大军钱粮。扶苏与蒙恬商议南海战事已息，便有些小患有十万兵马足以应付，传令任嚣留下十万兵马，余者五十万人就地卸甲为民，划地安置，其内地有妻子者按意愿由官府护送至岭南相聚。自今日起罪犯妻女流放者皆流放岭南，鼓励州郡无产者携子女移垦岭南。
任嚣对始皇帝之死和二世皇帝继位本有疑虑，见新皇帝陛下处置得宜，翻山越岭数千里回咸阳谢恩，自此秦国尽在二世皇帝掌中。
二世皇帝又下诏三月之内山野盗匪回乡耕种者不究，山野盗贼大部都是被劳役赋税所苦不得已而为盗，日夜忧心官军围剿，见皇帝陛下宽仁贤明，又免了多年劳役，一大半都按期归乡耕种，自此道路安宁。
这几年始皇帝陛下倒行逆施，民怨甚深。二世皇帝陛下几个举措大大消减政府开支，既消解了社会矛盾，又给无产者新的出路，连盗贼都没了，不过半年天下大定。
廷尉府审明赵高在始皇帝饮食之中下毒，使得始皇帝早早病亡，又谋害二世皇帝，按律当诛九族，皇帝陛下以主使之人之赵高，余者无辜，将赵高凌迟处死，家人流放岭南，亲族不究。李斯不曾毒害始皇帝，却整个参与了谋害二世皇帝之事，父子二人判斩刑，家人流放燕地。
李斯为大秦大功臣，之所以勾结赵高行叛逆之事者，一则为了权位，二则自负才高足以安定天下。这些时日里在狱中听闻扶苏继位之后各项举措，大是钦佩。扶苏以李斯有大功于秦，也曾到狱中探望，表李斯昔日之功，令李斯大为羞愧悔恨。行刑之日小姑娘前来探望，道：“丞相大人天降奇才，连老爹都是钦佩的，皆因私心太重，致有今日