然而，随着“熵变之域”研究成果的逐步应用，一些潜在的问题也开始显现出来。一方面，大规模的能源采集和物质转化活动对“熵变之域”的生态环境产生了一定的影响。熵值的人为干预导致“熵变之域”内的熵平衡出现了微妙的变化，一些依赖特定熵环境生存的微观生物面临生存危机。另一方面，“熵驱动物质重组”技术的广泛应用引发了一些社会和伦理问题。例如，一些不法分子可能会利用这项技术制造危险的物质或武器，对宇宙和平构成威胁。
为了解决这些问题，联盟迅速采取了一系列措施。在生态保护方面，成立了“熵变之域生态保护委员会”，制定了严格的生态保护条例。对在“熵变之域”进行的各类活动进行严格监管，确保熵平衡的稳定。同时，组织生物学家对“熵变之域”内的生物进行深入研究，寻找保护这些生物的方法。
在社会和伦理方面，联盟制定了严格的“熵驱动物质重组”技术使用规范和监管制度。设立专门的审查机构，对涉及该技术的项目进行严格审查，只有符合安全和伦理标准的项目才能获得批准。加强对各文明的宣传教育，提高公众对该技术潜在风险的认识，增强大家的安全意识和责任感。
在解决这些问题的过程中，联盟也在不断探索“熵变之域”的更多奥秘。科学家们发现，“熵变之域”与宇宙中的暗物质和暗能量存在着某种潜在的联系。通过对“熵变之域”内熵值变化的进一步研究，他们推测暗物质和暗能量可能在熵变过程中起到了关键的调节作用。
为了验证这一推测，联盟组织了一支跨学科的研究团队，包括天体物理学家、宇宙学家、熵理论专家以及暗物质和暗能量研究领域的权威学者。他们利用先进的观测设备和实验手段，对“熵变之域”及其周边的宇宙空间进行了全面的观测和分析。
经过长时间的研究，他们发现了一些令人兴奋的线索。在“熵变之域”的边缘，存在着一些异常的能量波动，这些波动的特征与暗物质和暗能量的理论模型相契合。